Este premio centenario se organiza en dos modalidades: el Mariano Aguilera a la Trayectoria Artística y el Nuevo Mariano Aguilera (becas para proyectos de arte contemporáneo), ambas orientadas a promover proyectos que, desde el arte, reflexionen sobre diversas problemáticas contemporáneas a nivel global. La primera modalidad otorga un reconocimiento económico y la producción de una exposición antológica en el Centro de Arte Contemporáneo, acompañada de su catálogo. Mientras que, el Nuevo Mariano,  ofrece 10 becas para la producción de proyectos en cinco categorías: creación artística, investigación, prácticas curatoriales, pedagogías del arte y edición/publicación, impulsando propuestas innovadoras que fortalezcan y amplíen las prácticas contemporáneas.